Если вы на УСН и попадаете под налоговые каникулы, просто не платите налог, а по итогам года сдайте декларацию со ставкой 0%. Специальных заявлений подавать не нужно.
Если вы хотите перейти на патент, в заявлении на его получение укажите ставку 0% и статью регионального закона, который ввёл каникулы для вашего бизнеса. Статья «Как заполнить